工程菌又稱為改造菌，是采用現代生物工程技術及基因工程方法，使外源基因得到高效表達的工程細胞株。作為新型微生物，工程菌具有種類繁多、來源廣泛、功能多、高效以及適應性強等特點，憑借優異性能，工程菌在醫藥、食品、能源、化工、農業、污水處理等領域得到廣泛應用，并為眾多傳統行業升級帶來新思路。
微生物種類繁多，且數量巨大，是人體自身基因數量的百余倍，其被稱為人體第二套基因組，在人體中，微生物構成了規模龐大且結構復制的微生物群落，廣泛寄生在泌尿生殖道、皮膚、口腔、呼吸道、胃腸道等部位。微生物與人類健康密切相關，近年來，隨著研究不斷深入，以及合成生物技術進步，定制化工程菌市場迎來良好發展時機。
根據新思界產業研究中心發布的《
2021-2025年全球工程菌行業深度市場調研及重點區域研究報告》顯示，近年來，全球布局工程菌市場的企業數量不斷增加，包括美國Synlogic、強生、美國Osel以及中國和度生物、上海羽冠生物等企業�，F階段，全球工程菌市場仍處于發展初期階段，未來行業存在廣闊的發展空間。
第一代工程菌是作為膳食補充劑開發的益生菌，2020年，我國益生菌產業規模在1250億元左右，市場保持高速增長態勢，益生菌潛在應用場景豐富，但由于應用技術不成熟，目前益生菌主要應用在乳制品領域；第二代工程菌主要為具有預防和治療疾病能力的藥物，近年來，全球醫藥工程菌市場景氣度較高，行業內投融資事件較多，主要集中在美國、中國、丹麥等地區，其中美國是融資規模最大的國家，2016-2021年，美國醫藥工程菌領域總融資規模達到1.2億美元左右。
近年來，工程菌在臨床應用越來越廣泛，目前工程菌臨床應用主要分為診斷和治療兩部分，在治療方面，工程菌可分為體內治療和體外治療兩種方式，其中體內治療是通過基因編輯選擇性殺死細菌，體外治療是以細菌作為載體把藥物運輸到特定位置以達到治療目的。
新思界
行業分析人士表示，憑借良好性能及特點，工程菌在食品、醫藥、化工、農業、污水處理等領域展現出良好應用前景。近年來，全球工程菌研發熱情較高，但由于技術不成熟，目前全球工程菌市場仍處于發展初期，行業發展仍面臨技術、應用、政策方面問題，未來工程菌市場發展機遇與挑戰并存。
