改革開放之后，在市場經濟巨大利益刺激之下，各高校拿出部分的教育經費，同時利用自身的技術、人力條件，設立企業參與市場競爭，這導致了校辦企業的興起。校辦企業的興起及繁榮在一定程度上緩和了高校教育經費投入不足、教師待遇低的局面，但隨著市場競爭的加劇，校企不分、管理僵硬等因素導致的校企經營風險開始暴露，校辦企業經營的惡化逐漸威脅到高校自身的教育教學活動。
2006年6月，教育部《關于高校產業規范化建設中組建高校資產經營有限公司的若干意見》對校辦企業的資產管理提出了明確的要求：建立高校資產經營有限公司。教育部成立高校資產管理公司的目的主要有：1、校企分離，規范校辦產業發展，防范經營風險；2、維護高校教育、教學的核心功能，合理、公平利用教育、教學成果。
北大是全國第一個建立資產經營公司的高校，之后高校資產管理公司開始在各地區陸陸續續建立，根據新思界
產業研究中心發布的
《2016-2017年中國高校資產管理公司深度調研報告》顯示，目前高校資產管理經營公司的發展來看，主要存在以下幾個問題：
1、監管一體，職責不清。高校資產管理經營公司雖然是按照現代公司制度設立的，但并不是獨立的。高校資產管理公司直接向高校資產管理委員會報告，其負責人及各部分領導大部分來自于高校，在管理上仍然是事業單位的行政方式。高校資產管理公司的設立更多的是為了應付教育部的政策命令，在獨立性、透明性缺失的前提下，很難發揮應有的功能。
2、重監管輕經營，核心功能缺失。一般高校資產管理公司的設立有以下幾個行政部門：人力資源部、財務部、法律合規部、資產管理部、投資運營部。一般的人員配備在20-40人之間，資產管理與投資運行部的主要職能是對現有企業經營狀況的監管，投資功能主要由子公司來運作，總部投資部更傾向于一個投資監管部。
3、核心崗位內聘，重要職位兼任。高層總裁、總經理、部長多有校內人士兼任，中低層則選擇外部招聘。人員的聘用則使其監管職能大打折扣。
雖然各高校建立了資產管理公司，在一定程度上防范了校辦企業的經營風險，但是從高校資產管理公司的設立、管理、運行上看，并沒有真正起到規范經營、防范風險、增值保值的功能，校企市場化運作依然任重道遠。
