分子診斷流水線，是用于分子診斷領域的、能夠實現樣本從上機到出具結果報告全過程自動化的設備，是體外診斷流水線的一種。
體外診斷（IVD）是臨床上疾病診斷、治療與預防的重要手段之一，分子診斷是體外診斷市場中發展最快的技術，憑借速度快、靈敏度高、精準度高、效率高等特點，在多種疾病診療過程中發揮重要作用。分子診斷重要性日益突出，可以檢測的項目不斷增多，同時，民眾健康意識不斷增強，分子診斷樣本量不斷增加，因此臨床實驗室檢測壓力不斷增大。
在分子診斷市場中，聚合酶鏈式反應（PCR）憑借高敏感性、高特異性、易于操作、成本較低等優點成為主流技術，應用比例高。以PCR為例，PCR實驗室操作流程包括樣本處理、試劑準備、PCR儀器設置等，較多步驟需要人工操作，不同環節采用不同的設備，功能存在差異。
分子診斷流水線將分子診斷（例如PCR）各個環節所需設備集合于一體，功能高度集成，從而實現完全自動化，可以廣泛應用于傳染性疾病、遺傳性疾病、腫瘤等疾病診斷，以及產前診斷、健康管理等領域。
2019年以前，我國分子診斷市場一直保持穩定上升態勢；2020-2022年，由于新冠疫情爆發，相關檢測需求暴漲，我國分子診斷市場規模一直處于較高水平；預計2023年，由于新冠病毒檢測需求下降，我國分子診斷整體市場增速放緩，全年市場規模將為245億元左右，但除新冠以外的其他領域檢測需求保持穩定增長態勢，利好分子診斷流水線行業發展。
新思界
行業分析人士表示，在我國市場中，分子診斷流水線供應商主要有羅氏（Roche）、豪洛捷（HOLOGIC）、賽沛（Cepheid）、安普利、仁度生物、安圖生物、之江生物、博日科技等，既有國外企業，也有國內企業。目前我國分子診斷流水線市場滲透率依然偏低，未來增長空間大，國內企業具有本土化優勢、性價比優勢，若產品性能得到市場認可，占有率將不斷提升。
