益生菌的研究越來越深入使得人們對益生菌的功能性認知越來越高，促進了益生菌行業在全球的發展。國外益生菌重點企業有科漢森、IFF（丹尼斯克）等，其均有幾十年的產業化生產經驗，設備先進，工藝流程較完善，并擁有一批性能穩定、能夠規�；a且得到大規模應用的專利“明星”菌株，例如科漢森的BB-12、IFF（丹尼斯克）的HOWARU®系列、雀巢的副干酪乳桿菌St-11、薩科的鼠李糖乳桿菌CRL1505、長雙歧桿菌BB536等。這些“明星”菌株產業化應用較早，與國內菌株相比具有先發優勢，同時這些菌株在國內外應用都比較多，得到消費者的認可，嚴重擠占了國內菌株的應用空間。
新思界
產業研究中心出具的《
2024-2029年益生菌研發行業市場深度調研及投資前景預測分析報告》顯示，益生菌產業的研發成果如論文、專利都是公開化資料，國內研發機構也常與國外機構進行學術交流，國內機構研發與國外機構研發的差距正在縮小，部分領域已與國際同步，且近幾年國內機構研究成果正在快速增長。
從益生菌的研發環節來看，目前，國內益生菌及發酵劑的研發主要依賴于高校等機構中，國內研發機構中，浙江大學、南昌大學的研發重點集中在菌株篩選和基因研究階段，中國農業大學的研發重點是菌株的性能和初步的功能研究階段，江南大學的研發重點是功能驗證和產業化應用。而國外的重點企業和研發機構的重點已經進入產業化應用以后的功能發現和功能驗證階段。企業方面，國外企業自身研發實力都比較強，與機構的合作也比較有目的性和針對性，國內企業研發實力很弱，大部分企業沒有研發能力，研發團隊組建時間短，研發經驗嚴重不足，基本依靠向研發機構索取現成菌株為主，中外企業研發實力差距較大。機構方面，國外研發機構從事益生菌及發酵劑的時間較早，擁有較多的專家學者和技術人員，而國內研發機構起步明顯較晚，除江南大學、中國農業大學在上世紀90年代起步外，其他院校在益生菌及發酵劑相關領域的研究都不足20年，研發團隊規模偏小、研發體系尚未完全建立，國內外研發機構研發實力依然有差距。
從益生菌研發的合作模式來看，國外的益生菌企業與研發機構之間的合作模式，更傾向于市場化，企業會將益生菌研發、生產過程中遇到的自己團隊無法解決的問題，以市場化招投標的形式進行合作。國內益生菌市場處于起步階段，不僅企業的研發實力薄弱，企業與研發機構之間緊密研發的模式也比較少。大量的企業與研發機構/大學的合作只是“面子工程”，而在真正的菌株篩選、功能驗證、穩定性安全性馴化環節的合作很少。國內僅有江南大學與下游應用企業的合作較為緊密，且模式比較先進。國外企業研發實力更強，能夠準確、快速的提出問題與研發需求，而國內眾多企業的研發實力較弱，無法與研發機構協同研發，是導致國內外企業與研發機構之間合作模式差異的最主要原因。另外，國內外益生菌市場的發展階段與成熟度，也導致了市場中企業的盈利能力有所差異，進而影響了企業無法長期、大量的向研發機構進行研發投資，也是導致這種差異的原因之一。
整體來看，雖然中國與全球市場在益生菌的研發實力上有差距，但中國在益生菌領域的研發已經取得了非常大的進步，國內重點的益生菌研發機構已經具備相當量的優秀菌株儲備，為未來中國益生菌市場本土化做準備。且國內重點研發機構在功能驗證背書環節也做了大量工作，雖然目前國內本土菌株的功能驗證背書數量仍比較少，但背書的增長速度非常快。國內研發機構在益生菌領域申請的專利、發布的論文數量也在快速增長，且在可預見的未來時間段內將成為全球專利與論文數量最多的國家，屆時中國的益生菌研發實力也將取得更大的突破。
