分子育種主要技術方法包括分子標記輔助選擇（MAS）技術、全基因組選擇（GS）技術、轉基因技術、基因編輯技術等。分子育種是是指將分子生物學技術應用于育種中，在分子水平上進行育種。
我國政府十分重視分子育種技術發展，積極推動分子育種產業化進程。為服務國家戰略需要、培養國家戰略人才，根據教育部發布的2024年新專業目錄中，北京農學院、大連海洋大學、新疆農業大學三所大學新增分子育種專業。在政策方面，分子育種相關政策有《種業振興行動方案》、《關于扶持國家種業陣型企業發展的通知》、《國家種業創新發展規劃（2021-2035年）》等。
根據新思界產業研究中心發布的《
2024-2028年中國分子育種行業市場供需現狀及發展趨勢預測報告》顯示，相比于傳統育種，分子育種具有育種周期短、變異范圍廣、差異性較小、均一性較好、操作簡便等優勢。種子是農業發展的基石，我國是全球主要育種需求國，分子育種產業發展空間廣闊。目前分子育種技術已在水產、畜禽、農業等方面實現應用，如水稻育種、小麥育種、棉花育種、轉基因大豆、基因編輯大豆、抗結核病牛、抗藍耳病豬。
在國際市場上，分子育種相關企業有拜耳、科迪華、英國Genus公司等。在國內市場上，分子育種相關企業有華大智造、新銳恒豐、博瑞迪生物、格致博雅、極智生物、登海種業等。博瑞迪生物是一家專注于動植物分子育種技術研發和應用的企業，2020年-2023年2月，博瑞迪生物先后獲得5輪融資，在資本助力、技術賦能下，博瑞迪生物逐漸實現了從數據庫、算法、檢測試劑到國產化智能分子育種技術檢測平臺的零突破。
農業生物育種，可分為1代農家育種時代、2代雜交育種時代、3代分子育種時代、4代智能育種時代，目前部分發達國家已進入“生物技術+人工智能+大數據信息技術”的4代智能育種時代，相比之下，我國還處于從2代雜交育種時代向3代分子育種時代邁進的關鍵時期。
新思界
行業分析人士表示，我國基因編輯技術、分子標記輔助選擇技術整體處于全球領先水平，因此分子育種技術與發達國家相差不大，但在技術成果轉化、實際應用方面還存在較大差距。未來分子育種產業鏈上下游仍需進一步聯動，構建完善的成果轉化體系和商業化運營體系，推動分子育種產業進一步發展。
