多核苷酸多態性（MNP）分子標記是一種新型分子鑒定技術，MNP是一組長度小于300bp的基因組片段內的多個分散的SNP（單核苷酸多態性）。
MNP分子標記是繼SSR（簡單重復序列）分子標記技術、SNP分子標記技術之后的，植物品種鑒定第三個國家標準（GB/T38551-2020）。相比于SSR、SNP標記法，MNP分子標記具有更高的多態性、更強的物種區分能力、更高的鑒定精度和效率，標記檢測的準確率高達99.98%以上。
根據新思界產業研究中心發布的
《2025-2030年中國多核苷酸多態性（MNP）分子標記行業應用市場需求及開拓機會研究報告》顯示，MNP分子標記技術可用于種群多樣性分析、復雜遺傳研究、品種權保護、植物雜交育種、種子質量管控、原始品種鑒定、實質性派生品種鑒定、動物檢疫、海關生物安全等場景。
近年來，我國MNP分子標記技術相關標準研制進程加快，包括GB/T38551-2020《植物品種鑒定-MNP標記法》、NY/T 4459-2025《水稻品種及其實質性派生品種鑒定MNP標記法》等，由內蒙古巴彥淖爾市制定的《向日葵品種及其實質性派生品種MNP分子標記法》也已經通過審查。
MNP分子標記技術由江漢大學彭海教授團隊與農業農村部科技發展中心共同發明，在國產平臺華大智造測序儀所支持下，目前MNP分子標記技術在技術、試劑、儀器、芯片、數據系統、分析軟件等方面已全面實現國產化�；贛NP分子標記技術的核心支撐，農業農村部科技發展中心、江漢大學和三亞崖州灣創新發展中心在崖州灣科技城合作構建完成了水稻品種的DNA指紋庫。
目前江漢大學MNP研發中心正加速推進MNP分子標記技術成果轉化落地，與通州種業園實驗室、武漢農創中心、河南步銳頂檢測技術服務有限公司、武漢伯遠生物科技有限公司、武漢愛基百客生物科技有限公司等達成合成，開展MNP分子標記檢測服務。
基于核心基因的多核苷酸多態性（cgMNP）是第二代MNP分子標記技術，中國科學院微生物研究所趙瑞琳團隊聯合中國農業科學院農業資源與農業區劃研究所高巍副研究員等研究人員已成功將cgMNP標記應用于大球蓋菇，實現了菌株的高分辨率分型。
新思界
行業分析人士表示，目前MNP分子標記技術已成功應用在水稻、大豆、茄子、油菜、玉米、番茄、食用菌香菇、向日葵等作物的品種鑒定中。在種業振興及生物育種技術飛速發展背景下，MNP分子標記作為現代植物品種鑒定的新工具，市場空間正快速擴大。
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