糞便菌群移植（FMT）簡稱糞菌移植，又稱為細菌療法，是一種重建腸道菌群的療法，通過將健康捐贈者糞便樣本中的微生物菌群經處理后制成制劑，經直腸插管、胃鏡/結腸鏡、口服等方式將制劑輸送到受體者的消化道，以改變或恢復其腸道微生物群落的組成和功能。
根據來源不同，糞菌移植可分為自體糞菌移植、同源糞菌移植、異源糞菌移植。糞菌移植狀態可分為發酵糞菌、新鮮糞菌、凍存糞菌。糞菌移植可重建腸道菌群，主要用于治療腸道疾病及腸道外疾病，包括復發性難辨梭菌感染（RCDI）、炎癥性腸病（IBD）、腸易激綜合征（IBS）、克羅恩病、丙型肝炎、慢性便秘等。隨著研究深入，糞菌移植在代謝性疾病、自身免疫疾病等領域也展現出巨大應用前景。
近年來，中國知網有關糞菌移植的學位論文和學術期刊數量不斷增長。根據中國知網數據顯示，自2022年以來，題名中涉及“糞菌移植”的中文文章達127篇。國內有關糞菌移植的共識或標準有《兒童糞菌移植技術規范的共識》、《洗滌糞菌質量控制和糞菌樣本分級》、《上海市菌群移植技術管理規范》等。
根據新思界產業研究中心發布的《
2023-2027年糞菌移植（FMT）行業市場深度調研及投資前景預測分析報告》顯示，目前我國糞菌移植市場仍處于發展初期，但隨著技術突破、標準化程度提升，糞菌移植不良事件發生率呈持續下降態勢，2012-2022年從20.0%下降至5.1%左右。糞菌移植療效顯著，是一種極具發展前景的治療方式，預計2023-2027年，全球糞菌移植市場將以20.0%以上的年均復合增長率增長。
截止至2023年6月，全球糞菌移植治療病例已達10萬多例。在國外市場上，糞菌移植相關企業有Relief Therapeutics、MaaT、輝凌制藥、Seres Therapeutics等，其中Seres Therapeutics的糞菌移植藥物Vowst已獲得FDA批準，成為首款口服糞菌移植藥物。
目前我國已有上海兒童醫醫學中心、浙江樹蘭醫院、山東省兒童醫院、南京第二醫院等70多家三甲醫院開展糞菌移植臨床研究，糞菌移植臨床試驗注冊量超20項，涉及到山東、江蘇、廣東、四川、福建等多個省份，其中中華糞菌庫是國內最大的糞菌移植平臺。
新思界
行業分析人士表示，我國糞菌移植相關企業有北京君安益生、深圳未知君生物、慕恩生物、廣州知易生物、廣州承葛生物等。與美國市場相比，我國糞菌移植市場發展仍處于早期階段，尚無相關藥物上市，臨床應用仍存在移植效果不穩定、感染風險大、副作用大等問題。
