與新三板的不同股票成交額存在天壤之別類似，新三板基金的凈值表現也呈現出“冰火兩重天”的現象。自2013年底新三板擴容以來，各路新三板基金涌入投資者視線，在2015年三、四月，新三板基金產品出現發行高潮，而將近一年以后，新三板基金產品的浮動收益可謂是“撐死小部分，餓死大部分”。
截至目前，市場共有約3000只新三板概念的基金產品，其中名稱中帶有“新三板”字樣的有約1400只。按類型分類，這些產品可分為基金資管計劃、券商資管計劃、期貨資管計劃、私募證券投資基金、私募股權投資基金、其他私募基金、信托計劃。從發行方分類，新三板基金的主要發行方包括私募、券商資管、公募專戶及子公司、信托，在四者的比例上，有明顯不同。
新三板基金中，私募占48%、信托占36%、券商占14%、公募占2%。不同發行方的新三板產品各有其鮮明特點，總體來看，前三者在投研和優質資源上有先天優勢，而信托對新三板投資策略和投資標的選擇的了解程度則相對不足。
東方財富統計顯示，截至2月17日，有披露數據的1125只新三板基金產品成立以來回報率最高的是299.3%，而最低的是-67.84%，回報率在0以上的有292只，其中回報率在50%以上的有17只，超過半數以上的新三板基金自成立以來表現浮虧。
表現最為優異的是深圳中盟泰資產管理的中盟泰-新三板7號，成立以來回報率為299.3%，1月29日公布的單位凈值為3.981，其次為深圳市前海進化論管理和重陽戰略分別管理的進化論復合策略一號、重陽戰略才智基金，成立以來回報率分別為184.49%、129.79%。
從成立以來回報率在20%以上的57只新三板基金來看，深圳中盟泰資產管理有四只產品上榜，深圳舍得之道資產管理有四只產品在列，除此之外，少藪派投資、合晟資產、德昇投資、德昇投資、深圳市前海進化論均有超過一只產品在前57名之中。這些基金產品的管理人中，不乏朱雀股權投資、重陽戰略等知名機構，同時，浙商資管、中信證券、中山證券是產品管理人中少見的三家券商系公司。
與此同時，表現較差的新三板產品有前海卓潤投資、深圳前海品格資產管理、上海翮銀資產管理的卓潤一期、品格資本-廣成1號、翮贏一號，成立以來浮虧分別為67.84%、58.74%、58.5%。大部分新三板基金并未取得浮盈。數據顯示，有607只產品成立以來回報率在0以下，這意味著，接近54%的新三板基金產品都呈現浮虧狀態。
總體而言，私募機構發行的產品最多，不管是表現好的還是表現差的，都是私募機構發行的為主。基金管理人投資能力及資源、投資策略、估值方式差異、布局時間不同等，均是造成最終展示凈值不同的重要因素。大部分新三板基金的投資范圍既包括擬掛牌企業股權，也包括已掛牌企業股票，這一投資范圍決定了，不同的投資策略和不同的估值方式，綜合起來均會影響基金運作期凈值展示和投資者的最終實際收益。
從投資策略和估值方式來講，對于擬掛牌企業股權，以成本估值，直到實際退出獲取收益后才會實際展現到凈值上；以協議轉讓方式交易的股票，以成本或一次轉讓價格估值；做市企業股票，以交易價格估值。這就意味著，若基金投資策略為重點投資于擬掛牌企業股權，那么投資期內凈值會一直在1附近徘徊，并不具有參考價值，經過一定的投資運作時期，一旦有項目退出，很大概率會迅速拉高產品凈值。目前展示凈值較高的產品中，很大部分都是因重點參與單一掛牌企業定增，整體拉高了現階段凈值表現。但這種投資機會并非經常性的，投資業績不具有可復制性。
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投資分析師表示，如今新三板產品浮虧明顯的情況，必然將影響到接下來產品的發行和募集，2015年上半年，新三板基金產品成立的數量為1154只，而2016年以來成立的產品數量為173只，就成立產品數量情況而言，一個半月內還不到去年上半年的15%。大幅的浮虧將極大降低發行機構和投資者的熱情，有
新三板投資分析人士預測，今年上半年的新三板產品發行量可能連去年的一半都達不到。
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